Las Ruinas de Santa María fueron el monumento más destacado del Renacimiento. Aunque la fecha exacta de su construcción no se conoce, es casi seguro que tuvo lugar en el siglo XVI. Su estilo es renacentista y es muy probable que su autor haya sido Andrés de Vandelvira, ya que muchos de sus elementos son reconocibles en templos conocidos de Úbeda, obra del mismo autor. La portada de la fachada que da a la calle de la Hoz es una réplica casi exacta de la de la Iglesia de San Miguel en Jaén.
Respecto a quién ordenó su construcción, se duda si fue financiada por la iglesia episcopal de Toledo o por los marqueses de Camarasa, quienes eran los Adelantados de la época.
Está construida sobre el río Cerezuelo, lo que requirió su canalización previa. El río entra en una gran bóveda bajo el altar mayor, atraviesa toda la iglesia y continúa su curso bajo la Plaza de Santa María. Es muy probable que el templo nunca se completara totalmente y que los graves daños causados por la terrible tormenta e inundación de 1694 dificultaran aún más su finalización.
